目前Ubuntu18.04官方源已经内置bwa,直接使用apt即可安装:

1
sudo apt install bwa

以下介绍使用源码编译安装

首先安装依赖:

1
sudo apt install zlib1g-dev

然后安装git用来下载源码:

1
sudo apt install git

安装成功后下载源码:

1
git clone https://github.com/lh3/bwa.git

进入目录并编译:

1
cd bwa; make

编译成功后使用 ./bwa 即可使用。

以后使用的话可以将bwa复制到所在目录使用./bwa运行,或者每次都用bwa的绝对路径运行,如/root/bwa/bwa

上面两种方法用起来都不方便,还是直接加到系统软件里比较方便:

1
sudo cp /root/bwa/bwa /usr/local/bin/bwa

注意上面的/root/bwa/bwa要改成你电脑里bwa的位置

以后就可以在任意路径下用bwa指令了。

评论